Trois ans se sont écoulés depuis que petit compagnon de Sora a écrit ses mots. Durant ce laps de temps, la paix a régné sur les mondes. Bien sûr, les Ténèbres existaient encore, mais ils restaient loin de la Lumière, permettant aux habitants des mondes de vivre en toute tranquillité. Cependant, derrière ce calme apparent, une organisation vit le jour : les Atemporels. Leur but n’est pas encore connu, mais depuis leur arrivée, la puissance des Ténèbres n’a fait qu’augmenter et les étoiles dans le ciel commencent à disparaitre ...

Pour équilibrer les forces, une pluie d’étoiles filantes eu lieu, dispersant des Keyblades incomplètes sur les mondes. Elles furent récupérées par de nouveaux élus, marquant le début d’une nouvelle ère. Tout fut découvert lors de la fête d’Halloween, que Jack Skelligton avait organisé. Les Atemporels révélèrent leur existence et s’en prirent aux représentants de la Lumière. C’est alors que l’Alliance Phoenix fit son apparition. Ils étaient la nouvelle organisation de la Lumière, chargés de la défendre. La bataille fit rage et les Atemporels vainquirent. Mais ils ne comptaient pas s’en arrêter là. Par la suite, ils s’en prirent à la rose de la Bête.

Cette fois-ci, les Phoenix réussirent à les en empêcher. Pendant un moment, les Atemporels se tinrent tranquille, puis ils menèrent une attaque contre la Ville de Traverse et le Jardin Radieux. L’Alliance Phoenix était complètement désorganisée, si bien que la résistance fut faible. Les deux mondes subirent d’importants dégâts matériels et humains. Cela permit également à tout le monde de découvrirent le chef des Atemporels, un certain Zero...